巴拿馬運河已經開始了脫碳作業，目標是到2030年實現碳中和。
為了啟動向綠色運河的過渡，航道購買了四輛電動汽車，作為試點項目的一部分，該項目將收集數據，以通知運河的整個船隊擺脫對化石燃料的依賴。
其戰略脫碳計劃的一部分還包括使用替代燃料的拖船和下水項目，以光伏電站替代電力生產過程，使用水力能源，并確保所有設施和基礎設施項目對環境負責和可持續發展。
巴拿馬運河管理人員Ricaurte Vásquez Morales表示:“這一過程將建立在我們長期努力的基礎上，以盡量減少我們對環境的影響，包括鼓勵客戶使用清潔燃料，減少他們的碳足跡。”
巴拿馬運河于2013年開始跟蹤其碳足跡，以使其運營與全球減排目標保持一致，以減緩和適應氣候變化。2017年，運河公司推出了“排放計算器”(Emissions Calculator)，這一工具可以讓航運公司測量每條航線的溫室氣體排放量，并加強了運河對自身日常運營產生的排放量的分析，從而支持了運河公司實現碳中和的計劃。
巴拿馬運河已經加入了“首批50個碳中和組織”的宣言，該組織由巴拿馬環境部牽頭，旨在整合國家努力，加快可衡量的氣候行動。
作為新的國家倡議的一部分，運河將制定年度溫室氣體清單，以及一個具有可衡量的減排目標的行動計劃。
與最有可能的替代路線相比，這條航道為船舶提供了更短的航線，從而在2020年減少了超過1300萬噸的二氧化碳當量排放量。
