6月14日0-24時，深圳新增3例境外輸入確診病例，3例境外輸入確診病例為中國籍，男性，從南非抵深。入境后即被集中隔離，后轉至深圳市第三人民醫院應急院區觀察治療，情況穩定。
6月11日0-24時，深圳新增1例境外輸入確診病例和4例境外輸入無癥狀感染者。1例境外輸入確診病例為中國籍，男性，從南非抵深。入境后即被集中隔離，后轉至深圳市第三人民醫院應急院區觀察治療，情況穩定。3例境外輸入無癥狀感染者為中國籍，1男2女從南非抵深。
據航空公司消息，6月16日、23日、30日和7月7日的航班熔斷取消。
| 起運港 | 目的港 | 船公司 | 20GP | 40GP | 40HC | 有效期 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 約翰內斯堡 | OOCL | 0 | 0 | 0 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 鹽田,深圳 | 約翰內斯堡 | OOCL | 0 | 0 | 0 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 伊麗莎白港 | MSC | 1840 | 4680 | 4680 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 鹽田,深圳 | 開普敦 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 鹽田,深圳 | 德班 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 鹽田,深圳 | 庫哈 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 庫哈 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 開普敦 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 德班 | MSC | 2100 | 2250 | 2250 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
| 蛇口,深圳 | 德班 | ONE | 2190 | 2780 | 2780 | 2025-04-27-2025-05-15 | 詳情 |
