根據上海航運交易所的數據統計，截止2013年進行備案的海運附加費名目高達177個。但中國對外貿易經濟合作企業協會認為其中23項為不合理收費。因此雖然市場主體理解附加費的收取，但是對于其中一些項目還存在爭議。
集裝箱海運附加費的發展
自集裝箱出現不久班輪市場就已經有了海運附加費，但是其費用的收取卻一直被各市場參與主體所爭議。目前班輪公司一般使用CY-CY(場站至場站)間的交接條款，集裝箱運價成為其價格條款，當班輪公司面臨非自身因素帶來的成本變動時，便產生了海運附加費。
集裝箱海運附加費的分類
根據上海航運交易所的數據統計，截止2013年進行備案的海運附加費名目高達177個。但中國對外貿易經濟合作企業協會認為其中23項為不合理收費。因此雖然市場主體理解附加費的收取，但是對于其中一些項目還存在爭議。以下以THC為例，對相關爭議內容進行分析。
THC的爭議：
從件雜貨發展至集裝箱貿易，集裝箱班輪運輸承運人的責任延伸至堆場，開始實行的CY-CY(場站至場站)交接條款，但國內外對港口THC費用的承擔責任并沒有形成一致做法。以某班輪企業2017年運價表為例，其對歐美亞洲等國家港口貨物征收THC(詳見下表)，但一些國外貨主協會也提出了對THC的反對意見。2002年開始班輪公司全面向中國港口征收運價以外的THC，同時這一做法也遭受到了國內貨主的反對。
當存在FOB賣方作為實際托運人進行貨物交接時，按照Incoterms 2010的規定賣方應當負責將貨物放置在船上之前的成本，因此在裝貨港產生的裝卸費應當由賣方承擔。但由于運輸協議的締約雙方是承運人與買方，買方負責向承運人支付運價，且買方要求承運人提供的服務又涵蓋了船上環節的交接部分。但是按照Incoterms 2000的規定買賣雙方的責任成本劃分點在船舷，因此在起運港發生的費用與買賣雙方都有關系，如若沒有明確規定，在起運港的裝卸費的承擔方也是不明確的。
國內外對于海運價格的監管規定
1、美歐國家
1978年美國國會開始取消對鐵路、航運、公路和航空的價格管制，1916年美國立法法案對于各類運輸附加費有明確規定，但自1998年以后班輪運價及附加費收取就完全市場化了，改成了備案制，只要買賣雙方經過充分協商確定即可。
《1998年航運改革法》取消了向聯邦海事委員會(FMC)報備運價本的要求，代之以要求承運人發展自有的自動電子運價本系統，公眾支付合理費用后有權進入該系統。聯邦海事委員會有權對與該法不符的系統采取適當的強制行動。服務合同的完全公開也改為有限公開，允許涉及費率等重要內容不予公開。建立了電子服務合同報備系統，并且僅公開基本條款，服務合同運價和托運人進行保密。
在歐洲，承托雙方的締約自由更受重視，政府不對市場定價進行干擾，只要價格有效就沒有問題，更主張市場的自我調節，不過班輪公司之間的價格商議是被嚴令禁止的。1994年，德國取消國家對運價的控制，進一步開放市場并加大市場競爭。
不難看出，歐美國家在對運價和附加費的監管調控上，逐步從“政府監管為主，市場導向為輔”轉變為“市場導向為主，政府監管為輔”，政府更加放松管制，鼓勵市場化自由協議，最大程度發揮市場的自我調節功能。在服務合同(即國內所說的協議運價)方面，也給承托雙方更大的締約自由。
2、中國
《中華人民共和國國際海運條例》于2001年出臺，提到運價備案制度，到2009年正式出臺運價備案實施辦法，再到2013年將運輸附加費加入備案體系，我國的集裝箱運價備案制度不斷完善。以班輪公司向交通運輸部進行THC報備為例，班輪公司應向報備機構提供與港口碼頭裝卸包干費(以國家發展改革委、交通運輸部關于外貿費收規定的相關項目為準)相匹配、成本項目明確、調漲依據充分、幅度合理的證明材料，包括擬調漲THC前后與港口經營人簽訂的碼頭裝卸作業協議。
監管機關的懲罰措施為：未按規定履行運價備案手續或未執行備案運價的，將依照《國際海運條例》第49條規定，責令限期改正，并處2萬元以上10萬元以下的罰款。
至2016年底，上海航交所共計受理國際集裝箱班輪企業備案運價2.4億余條，備案企業100余家。但從監管結果來看市場上仍存在一些違規現象，2015年交通運輸部分批次約談了50余家班輪公司，并發文要求班輪公司規范海運附加費收費行為。
2017年2月，交通運輸部對法國達飛海運集團等14家國際集裝箱班輪運輸公司，因違反運價備案的違法違規行為作出處罰，并對其中違法情節嚴重的8家班輪公司進行了約談。
對于集裝箱海運附加費的認識
一般承托雙方簽署的是CY-CY的交接條款，但其中集裝箱班輪公司作為綜合物流承運人，除了海上運輸區段的成本外，也會涉及到陸上運輸、口岸環節、裝船環節等，需要配備相應的人力、物力，在費用提前代為支付給第三方的基礎上也產生了一些額外成本或增值服務。
另外，中國貨主貨代與集裝箱班輪企業之間運輸附加費的矛盾，更多是因發貨人和收貨人之間的貿易模式和貿易地位不對等所導致的，買方更具強勢地位。中國貨主一般都是采用FOB貿易術語下的賣方，采用FOB術語雖然能夠在國外買方進行詢盤時，給出一個看似較低的報價，但是當中國貨主以CIF此類貿易條款達成貿易合同時，既可以掌握選擇承運人的權利也掌握了運輸定價權，通過與承運人訂立運輸合同，掌控船期、貨物出運和周轉時間；通過合同運價和附加費的鎖定，掌控了運輸成本。海運附加費的問題看似是船貨雙方的矛盾，其本質上反映國際貿易買賣雙方話語權不對等問題。
